Los Acuarios Marinos fueron inagurados el año 1982 por iniciativa conjunta de nuestra Universidad durante la dirección del Sr Andrés Hoyl y el Dr. Alfredo Cea (Q.E.P.D.). Se construyeron 4 Acuarios para reproducir las maravillas de las diferentes comunidades marinas de nuestra Región de Coquimbo.
Luego, en el año 1995, se construyó anexa a los acuarios una Sala para exhibir muestras secas como equinodermos, moluscos, crustáceos, fósiles marinos, reptiles, aves y mamíferos marinos, la cual se amplió en el año 2004, gracias a la donación del Dr. Louis Di Salvo (Q.E.P.D) con una colección de especies nativas y exóticas, incluyendo una importante cantidad de ejemplares de Rapa Nui (Isla de Pascua).
La Sala incluye además una muestra de instrumental oceanográfico antiguo y afiches explicativos. Complementa esta exhibición una pileta interactiva, donde los visitantes puedan tener un contacto más cercano con especies de invertebrados marinos de la zona.
Asociado al Acuario y Museo se encuentra el Centro de Rescate de Fauna Marina, el cual desde el 10 de septiembre de 2012 funciona al amparo de un convenio de cooperación entre la UCN y el Servicio Nacional de Pesca. Dicha iniciativa tiene como objetivo aunar esfuerzos y recursos para el rescate y recuperación de fauna marina protegida de Chile.
