El Museo Masónico de la Gran Logia de Chile nace en el año 1911, bajo el gobierno del Gran Maestro Víctor Guillermo Ewing en la sede ubicada en la Galería San Carlos. En 1938 se oficializa su existencia en el Reglamento General, promulgado por el Gran Maestro Hermógenes del Canto Aguirre. Bajo la dirección de Óscar Valenzuela, y una valiosa donación de objetos patrimoniales del Q∴H∴ Roberto Orihuela, el museo cambia de ubicación a la sede ubicada en la Alameda.
En la década de los 80's se instala en el subsuelo del edificio de Marcoleta 659 e inicia numerosas exposiciones itinerantes en otras regiones de Chile. En 1997, durante el gobierno del Gran Maestro Marino Pizarro, el museo abre sus puertas a todo público.
A partir de 2018, en el Gobierno del Gran Maestro Sebastián Jans, y bajo la dirección del ex Gran Bibliotecario y Archivero, Antonio Ordoñez, la Gran Logia de Chile genera una activa política para la protección de nuestro patrimonio masónico y participa en proyectos de Mejoramiento Integral de Museos financiados por los Fondos Concursables del Ministerio de las Culturas, las Artes y el Patrimonio.