La historia del Museo Nacional de Medicina, fundado el 19 de febrero de 1955, se encuentra dividida en dos grandes períodos en concordancia a su emplazamiento y administración. En una fase primaria se ubicó en las dependencias del Servicio Nacional de Salud, periodo en el que se produce el mayor acopio de colecciones producto de las ininterrumpidas labores investigativas y afanes coleccionistas de los médicos Enrique Laval y Claudio Costa entre otros.
En la segunda, un 7 de julio de 1988, el Museo adquiere su actual nombre en memoria de uno de los grandes investigadores de la historia de la medicina: Museo Nacional de Medicina Dr. Enrique Laval, cuando pasa a depender de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile.
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