El origen del Museo Regional de Aysén se encuentra en el profundo deseo de la comunidad local de contar con un lugar especializado en el resguardo y la difusión del patrimonio natural y cultural de la Región.

Luego de un largo período de trabajo iniciado desde Aysén, la Dirección de Bibliotecas Archivos y Museos (DIBAM) manifestó en 2010 su voluntad e interés por administrar el futuro museo, dando pie a la aprobación del Gobierno Regional de Aysén de una etapa de diseño. Que finalizó con una propuesta arquitectónica y de restauración del Monumento Nacional "Construcciones de la Sociedad Industrial de Aysén" para albergar a la institución.

El 9 de febrero del 2015 se iniciaron las obras, con la apertura a fines del mes de Noviembre del 2017.

Las construcciones de Sociedad Industrial de Aysén fueron declaradas monumentos nacional a través de decreto supremo N°413, el 4 de noviembre de 2009. Sus orígenes dan cuenta de la ocupación inicial del actual territorio aisenino, cuando a principios del Siglo XX, el Estado Chileno entregó en arriendo importantes concesiones territoriales a diversas empresas, con la condición de introducir mejorar necesarias para favorecer la colonización de Aysén.

Al igual que otras estancias ovejeras, la estancia Coyhaique organizó la distribución de viviendas, comedores, corrales, galpones y caminos de acuerdo al agrupamiento de funciones y las jerarquías administrativas.

El proyecto Museo Regional de Aysén contempló la restauración de 6 edificaciones pertenecientes al polígono sur, donde se emplaza un museo de sitio, una sala "pulpería" con exposición permanente, oficinas administrativas y otra sala "Bodega" para exposiciones temporales, además de salas multiuso.

En el polígono Norte, se emplaza un moderno edificio donde se desarrollarán las tareas museológicas con una exposición permanente, salas de investigación y depósito de colecciones. Además de un auditorio.