El Museo se organiza a partir de los años 80, reuniendo las colecciones de Paleontología, Mineralogía Cristalografía, y Petrografía, distribuidas en las distintas facultades de la Universidad de Concepción, quedando finalmente al alero del entonces Departamento de Geología y Paleontología de la misma Universidad. Las colecciones mineralógicas y petrográficas existen en la universidad desde los años 40 y la colección paleontológica desde los años 60. Estas colecciones se han ido incrementando año a año gracias al aporte de docentes, alumnos, personal del museo y personas naturales, constituyendo así colección más completa de rocas, minerales y fósiles de la VIII Región. En el año 2008 el museo abre sus puertas a la comunidad en general reinagurando el área de exhibición generando un espacio único en la región del Biobio para el conocimiento de las ciencias de la tierra.